O Campeonato Mato-Grossense 2009 será disputado em 4 fases. Na primeira fase, as 16 equipes serão divididas em dois grupos e jogarão em turno e returno, dentro do respectivo grupo. As quatro melhores da cada chave avançam à fase seguinte. As duas últimas de cada uma serão rebaixadas.
Em caso de igualdade, os critérios de desempate serão os seguintes:
1 - maior número de vitórias
2 - maior saldo de gols
3 - maior número de gols pró
4 - maior número de pontos ganhos no confronto direto (entre duas associações)
5 - maior saldo de gols no confronto direto (entre duas associações)
6 - sorteio
Na segunda fase, as oito associações classificadas serão divididas em dois grupos e jogarão em turno e returno, dentro do próprio grupo. Os dois melhores avançam, permanecendo os critérios de desempate da fase anterior.
Nas semifinais, as equipes jogarão no sistema de ida e volta. As equipes com melhor campanha na fase anterior decidem em casa. Caso após o confronto as equipes tenham o mesmo saldo de gols, haverá disputa de pênaltis.
Na final, as associações jogarão no sistema de ida e volta, mantendo os critérios de mando de campo e desempate das fases anteriores.
